Место для строительства собора было выбрано самим преподобным Арсением в 1421 году. Решение перенести собор и обитель на новое место подальше от берега Ладоги было принято после наводнения, затопившего первоначальные постройки монастыря. Коневский монастырь был в числе первых обителей Русского Севера, где началось каменное строительство. Существующая ныне постройка, по-видимому, уже четвертая на этом месте.
В архитектурном плане собор следует традициям древнерусского зодчества, представляя собой двухъярусный восьмистолпный храм с выступающей алтарной частью в виде трех полукружных апсид, центральным кубическим объемом и притвором в западной части. Центральный объем венчают пять куполов на восьмигранных барабанах (четыре боковые деревянные главы декоративные, с нарисованными окнами). Силуэт куполов с главками, форма окон, дугообразных карнизов над ними, пилястр навеяны архитектурным стилем барокко.
Этот храм был зимним. В нем размещались печи, что позволяло круглогодично вести в нем богослужение. Верхний храм был устроен как летний. Он был прекрасно освещен двумя рядами окон и представлял собой традиционную церковь с восемью квадратными столбами. Окончательно отделан изнутри, украшен золоченым резным иконостасом он был уже при строителе Иларионе в 1809 году.
Выполнен комплекс работ по сохранению объекта культурного и исторического наследия: